Действие происходит сразу после событий Sonic the Hedgehog 3 - Death Egg в очередной раз терпит крушение, приземляясь в кратер острова Ангелов. Соник отправляется за ним. По ходу путешествия ему встречается уже знакомый, обманутый Эггманом, ехидна Наклз, мешающий добраться до базы. Добравшись до кратера вулкана, Соник попадает в секретный дворец, где происходит его стычка с Наклзом. Наклз замечает Эггмана, крадущего Мастер Изумруд и понимает, кто тут герой, а кто злодей. Получив разряд электричества от Эггмана при попытке вернуть Мастер Изумруд на место, Наклз падает без сил, а Эггман удаляется на Death Egg и взлетает. Тем не менее, ехидна открывает портал Сонику на Sky Sanctuary, с целью помочь добраться до базы. Преодолев множество козней доктора и Меха Соника, Соник оказывается в Death Egg'е. Громадная база, множество механизмов... Всё это для него пустяки по сравнению с Эггманом, завладевшим Мастер Изумрудом. Тем не менее, ни один план Эггмана не выдерживает и 5 минут, и он сам пытается спастись бегством, просто улетев с базы. Соник, собрав Изумруды Хаоса, принимает суперформу и отправляется в последний путь за доктором. Выхватив из лап злодея Изумруд, Соник возвращает его на прежнее место, на остров Ангелов.

Спустя некоторое время, на остров Ангелов совершается новая облава в облике Эггробо, одного из оставшихся роботов Эггмана. Наклз, выследив его, понимает, что целью Эггробо является Мастер Изумруд, и отправляется за ним в Sky Sanctuary. Тот, поймав Налза, отдаёт на растерзание Меха Сонику, но Наклз в последний момент вырывается, и Меха Соник уничтожает Эггробо. В битве один на один Меха Соник пытается выиграть, используя силу Мастер Изумруда и превращаясь в Супер Меха Соника. Но это не помогает, Наклз забирает Изумруд, и при помощи Соника отправляет Изумруд на остров Ангелов.