Южный Остров стал мирным местом после поражения доктора Роботника. От этой утопичности, Сонику стало скушно и он отправился в путешествие на поиски новых приключений. Но когда синий ёжик вернулся, он был потрясён, найдя остров опустевшим. Единственной зацепкой была записка друга Соника – Майлза «Тейлза» Прауэра. В послании Тейлз пишет, что был похищен доктором Эггманом и томится в месте, названном Crystal Egg. За возвращение двухстого лисёнка Роботник требует 6 Изумрудов Хаоса, которые он планирует использовать в качестве источника энергии для шести новых бадников-боссов. Не дочитав послание, Соник ринулся на помощь своему другу…