Доктор Эггман украл Мастер Изумруд при этом разделяя Землю при помощи Хаос Контроля и Соник с Тейлзом отдаляются от Наклза, Эми, и Крим. Двое начинают искать своих друзей и источник проблемы - Изумруды Хаоса. Но, как и всегда, Эггман делает все возможные устройства и приспособления, пытаясь победить Соника раз и навсегда. Самым опасным из них является Гемерл, боевой супер-робот, сделанный из остатков гизоида Эмерла. Гемерл стал источником новых роботов Доктора.

Игра делится на две концовки:

• Альтернативная концовка (без Изумрудов): После победы над финальным боссом, Эггман и Гемерл полностью потерпели поражение и спасаются бегством. Мир восстановлен. Игра заканчивается получением фотографии от Омочао со всеми персонажами.


• Хорошее концовка (со всеми Изумрудами): После победы над финальным боссом, Эггман и Гемерл полностью разбиты и пытаются спастись. Однако Гемерл останавливается и нападает на Соника, а затем отнимает Изумруды Хаоса. С помощью них Гемерл трансформируется в «совершенную» форму. Прежде чем улететь в космос, Гемерл бросает Доктора Эггмана. Соник превращается в Супер Соника и, с помощью Доктора Эггмана, побеждает Гемерла. В конце концов, на Земле Тейлз ремонтирует робота и отдаёт Крим и её маме Ванилле.