После событий Sonic the Hedgehog 2 Соник и Тейлз летят на Торнадо на новый остров, где уже успел обосноваться доктор Эггман. На острове их встречает сам доктор вместе со своим роботом, похожим на Тейлз Долла. В результате небольшого сражения Роботник с помощью силового поля отбирает у Соника все изумруды хаоса, но Тейлз помешал этому и изумруды вновь разлетелись по разным уголкам и теперь героям снова придется собирать их в спецзонах. Эггман же улетает на свою базу — штормовую станцию, а Соник и Тейлз гонятся за ним. Далее выясняется, что Death Egg падает прямо на остров Ангелов, и он начинает стремительно падать в воду. По планам Эггмана это должно вызвать цунами и затопить близлежащий остров, чего не могут допустить Соник и Тейлз. В результате исследования острова наши герои встречаются с Майти, который помогает им; сражаются с роботами в лесу, а также узнают о неких фресках, находящихся в пещере. Они гласят о том, что на острове Ангелов есть Мастер Изумруд и если возле него поместить Изумруды Хаоса, то они превратятся в Супер Изумруды и Соник сможет достичь ещё более совершенной формы, нежели с обычными Изумрудами.

Соник и Тейлз доходят до Storm Station Zone и побеждают Эггмана, однако, один птицеобразный робот решил все-таки закончить дело и ускорить падение острова ангелов. Соник превращается в Супер Соника и побеждает робота сначала у моря, а затем и в Dream Dance Zone. Соник плавно телепортирует остров на воду и вместе с Тейлзом они летят туда, после чего начинаются события Sonic the Hedgehog 3.